Ellos presenciaron in situ la famosa batalla de Angora, en la que el Gran Kan derrotó al sultán y lo hizo prisionero, falleciendo Bayaceto al poco en 1403.
Recibidos por Tamerlán, este le entregó una amistosa carta dirigida al rey castellano y los devolvió a la Península ibérica acompañados por un embajador mogol -Mohamad Alcagí- y dos damas españolas (doña Angelina de Grecia y doña María Gómez) rescatadas del cautiverio en que las mantenía el derrotado sultán otomano.
Después entraron al mar Negro y alcanzaron Trebisonda, desembarcaron y prosiguieron el viaje por tierra a través de los actuales Turquía, Irak e Irán y las ciudades de Zigana, Torul, Erzincan, Erzurum, Surmari, Ararat, Maku, Khoy, Tabriz, Miyana, Zanyán, Sultaniyya, Teherán, Simnan, Firuzcuh, Damghan, Jajarm, Nishapur, Andkhoy, Balkh, Tirnidh y Kish y, ya en la Gran Bukaria (actual Uzbekistán), alcanzaron su capital, Samarcanda, que albergaba la corte de Tamerlán, por entonces casi septuagenario y ya gravemente enfermo, el 8 de septiembre de 1404.
Sin embargo, el medievalista Francisco López Estrada sugirió que el relato fue en realidad escrito por el compañero de Clavijo en la embajada, Alonso Páez de Santamaría, y Leoncio Cabrero defendió, por el contrario, que ambos reunieron muchos datos juntos pero la redacción la hizo finalmente Ruy González de Clavijo.
No obstante, el problema es aún más complejo según Joaquín Rubio Tovar, ya que el famoso viajero Pero Tafur escribió que intervino en la embajada un posible tercer autor, el poeta Alonso o Alfonso Fernández de Mesa, y determinados pasajes podrían haber sido redactados o elaborados con información del embajador Mohamad Alcagí.