Se formó en el estudio de Francesco Vanni y Ventura Salimbeni, pintores tardomanieristas.

Aunque siempre mantuvo en su forma de pintar ciertos rasgos que le ligaron a su primitiva educación, como las figuras de caras ovaladas o las composiciones algo abigarradas, fue permeable a influencias más avanzadas como la de los florentinos Bernardino Poccetti o Domenico Passignano; o el caravaggismo, del que fue uno de los introductores en el ambiente sienés.

Este nuevo matiz tenebrista en su obra lo adquirió en virtud de un viaje a Roma en 1615 en el que pudo entrar en contacto con lo que en aquellos años Caravaggio y otros jóvenes pintores estaban realizando en la Ciudad de los Papas.

Contribuyó con varias obras en la decoración del Casino Mediceo, junto a otros grandes maestros de su época como Giovanni Lanfranco, Cesare Dandini o Matteo Rosselli.

Manetti tuvo una importante influencia sobre otros pintores sieneses más jóvenes, como Raffaele Vanni, Astolfo Petrazzi o Bernardino Mei.