Rudkøbing se nombra por primera vez en un documento del año 1287 como Rudkiøbing.

Rudkøbing nació como una ciudad mercado medieval en la que no ha habido un gran desarrollo industrial posterior.

Durante las guerras entre Dinamarca y Suecia en el siglo XVII, Rudkøbing fue fortificada pero a pesar de ello padeció severos daños.

Este crecimiento limitado ha hecho que el centro de la ciudad conserve sus características antiguas.

El turismo tiene una importancia creciente en la economía, a lo que ha contribuido la inauguración en 1960 del puente de Langeland, terminado en 1966 y principal vía de acceso a la isla desde el resto del país.