Su llegada a River se dio cuando personal del club "millonario" llegó al pueblo dónde vivía a buscar nuevos talentos, quedando entre los seleccionados él y, curiosamente, su vecino.
A los 18 años ya se encontraba en el primer equipo de River Plate.
Su debut en primera se dio debido a que River jugaba la final de la Copa Sudamericana 2003 y no contaba con jugadores para el torneo local, por lo que debutó a 10 chicos, entre ellos Sambueza.
Rubens recibió el apodo de "Cañito" debido a su habilidad para realizar esta jugada, en otros países conocida como "túnel".
Al respecto, Rubens opina que el "túnel" o "caño" es la "jugada más linda".
Jugó a préstamo para Colón de Santa Fe, marcando al menos 5 goles y generando 12 asistencias.
Siendo así el tercer fichaje más costoso de la historia del cuadro azulcrema.
Y según palabras del director deportivo Ricardo Peláez: "Estamos muy contentos, creo que es una buena contratación, Miguel Herrera y Santiago Baños lo conocen perfectamente, estuvieron con él en Tecos, creo que estamos reforzando una zona importante de la cancha, él está muy comprometido, muy ilusionado de este nuevo reto.
Después es transferido al Club de Fútbol Pachuca donde jugó el Apertura 2019.
En agosto del 2020 se hace oficial su regreso al Deportivo Toluca Fútbol Club.