Aunque sus padres no podían pagar su matrícula, su permanencia en la academia fue asegurada cuando recibió una de las dos becas concedidas a los nuevos reclutas.
Para esa fecha el regimiento de artillería se había convertido en la fuerza más elitista en la nación.
El mayor Arturo Armando Molina, quién más tarde se convirtió en presidente de la República (1972-1977) era su reemplazo como tercero al mando.
En 1960, en gran parte debido a la posición estratégica del regimiento de élite a través de la Casa Presidencial, fue reclutado para desempeñar un papel en el derrocamiento del presidente José María Lemus.
Enviado al exilio, Rubén Alonso Rosales, terminó en México, donde se había hecho amigo de muchos oficiales militares del Ejército mexicano en la década anterior, quienes lo asistieron durante unos meses.