Aubert prosigue luego su carrera eclesiástica en el Gran Seminario de Malinas, siendo ordenado sacerdote en 1938.

Influenció mundialmente la escritura de la historia, gracias a su enfoque objetivo de los hechos, su amplia visión del mundo y su espíritu crítico, pretendiendo siempre explicar los hechos y evaluarlos.

Además estudió a cada papa del siglo XX en distintos libros y artículos.

En cuanto a Bélgica, se interesaba especialmente por la historia del cardenal Mercier, sobre el cual publicó una obra.

Recogió archivos de grupos católicos y movimientos de juventud, que forman el núcleo del ARCA (Archivos del mundo católico, Louvain-la-Neuve).