Tras dejar EA, fue contratada por Thatgamecompany, donde produjo Journey, un juego cooperativo en línea para la PlayStation 3.

Tras su finalización, Hunicke se unió a Tiny Speck para desarrollar el MMORPG social Glitch, formando equipo con el creador de Katamari Damacy y amigo personal Keita Takahashi.

Tras su trabajo en Los Sims 2, Hunicke se convirtió en la diseñadora principal de MySims para Nintendo Wii y, más tarde, fue productora de Boom Blox y su secuela, Boom Blox: Bash Party.

[8]​[9]​[10]​ Tras su paso por Electronic Arts, Hunicke se incorporó a thatgamecompany como productora.

[14]​ Antes del lanzamiento de Glitch, Hunicke dejó Tiny Speck para cofundar Funomena junto a Martin Middleton.

Es organizadora del taller anual de diseño de juegos en la Game Developer's Conference, donde ayuda a organizar el evento y da clases con los diseñadores Doug Church, Marc LeBlanc, Frank Lantz, Stone Librande, Clint Hocking y otros.

[20]​ Hunicke también es organizadora de las Experimental Gameplay Sessions en la GDC con Jonathan Blow, Doug Church y Chris Hecker.

En 2009, Microsoft concedió a Hunicke el premio Women in Gaming en la categoría de diseño.

[24]​[27]​[28]​ Hasta la fecha, los diversos títulos en los que ha trabajado Hunicke han cosechado premios, como el "Online Innovation Award" por Journey en los Game Developers Choice Online Awards[29]​ y un premio BAFTA al «Mejor juego casual de 2008» por Boom Blox.