Más tarde se asentó en la mansión de Hengwrt en Llanelltyd, una propiedad que pertenecía a su familia materna.[2] Vaughan se interesó desde muy temprana edad por la historia y la genealogía de Gales.Vaughan también se dedicó a transcribir textos, realizó investigaciones genealógicas, tradujo Brut y Tywysogion (Crónica de los Príncipes) del galés al inglés y escribió varios tratados históricos breves, así como el libro British Antiquities Revived, publicado por primera vez en 1662 en Oxford.El anticuario y parlamentario galés William Watkin Wynne (1801-1880) adquirió más ejemplares que sumó a la colección que había heredado de Sir Robert Vaughan (1803-1859), también parlamentario por el distrito de Merioneth.Vaughan también custodió el manuscrito Hendregadredd durante una época, pero este desapareció de Hengwrt a finales del siglo XVII.
Primer folio del manuscrito Hengwrt de
Los cuentos de Canterbury
, conservado en la colección de Vaughan.