En 1868 contrajo matrimonio con Mary Eunice Harlan, hija del senador James Harlan, con quien tuvo tres hijos: La relación con su madre se vio enturbiada debido a su decisión de acudir a los tribunales y retirarle en 1875 la capacidad legal de disponer de sus bienes, que él consideraba que ella derrochaba por su depresión,[3]​ una acción que Mary Todd nunca le perdonó.

Durante su mandato se produjeron unos violentos disturbios en Cincinnati (1884), que duraron tres días y que se saldaron con casi medio centenar de fallecidos,[4]​ viéndose obligado el gobierno a enviar al ejército a fin de apaciguar las calles.

[5]​ A su regreso a Norteamérica, trabajó como abogado y ejecutivo para la compañía automovilística de George Pullman, tras la muerte del cual en 1897 fue elegido como su sustituto en la dirección de la empresa y se mantuvo en dicho cargo hasta su retiro en 1911.

[6]​ Robert Lincoln estuvo casualmente ya sea presente o cerca cuando ocurrieron los asesinatos de tres presidentes: Aunque Lincoln reconocía que eran coincidencias, comentaría más tarde que había rechazado invitaciones presidenciales por eso.

La causa de su muerte dada por su médico personal fue "hemorragia cerebral inducida por arteriosclerosis".