Al finalizar ésta, obtuvo empleo en el departamento editorial del diario The New York Times, si bien lo abandonó pronto para iniciar su carrera en el mundo de la televisión.

Empleado por la cadena CBS, Mulligan se forjó en la televisión en puestos auxiliares, trabajando como «chico de los recados».

Perseveró en su trabajo, aprendiendo los entresijos del medio, de tal forma que en 1948 ya se encontraba dirigiendo importantes series dramáticas.

En 1960 Robert Mulligan dirigió su primera película para la gran pantalla y dos años después recibió un enorme reconocimiento así como sendas nominaciones como mejor director en los Premios Óscar y el Directors Guild of America por su obra Matar a un ruiseñor, basada en la novela homónima de Harper Lee.

En 1972 fue nominado también para recibir un Globo de Oro como mejor director y un nuevo Directors Guild Award por su exitosa Verano del 42.