Estudió en Leipzig, Heidelberg, Munich y Berlín.

En 1893, regresó a la Hochschule Técnica, ahora llamada Universidad Técnica de Berlín, donde obtuvo su habilitación en 1895 y se convirtió en profesor de química en 1921.

Junto con Adolf Pinner, determinó la fórmula estructural de la nicotina alcaloide.

[1]​[2]​[3]​ Wolffenstein descubrió el explosivo peróxido de acetona (APEX) o triacetontripetróxido (TATP) en la Technische Hochschule de Berlín por casualidad.

Fue el primero en describir la reacción de Cope junto con Leonhard Mamlock.