Villa se graduó en el Conservatorio en 1898 con primeros premios, y pronto consiguió un trabajo como violinista en la orquesta del Teatro Real, y en la orquesta de la Sociedad de Conciertos de Madrid.

En 1899 estrenó en el Teatro Real sus Cantos Segovianos.

En 1905 se convirtió en Director Musical del Teatro Real.

En 1909 se funda la Banda Municipal de Madrid, con Villa como primer director y cofundador.

Tiene dedicada una calle en Madrid (calle Maestro Villa), así como una plaza (Plaza Maestro Villa) en el Parque de El Retiro.