En los pueblos de indios generalmente no residían españoles, negros, mestizos o mulatos (Aunque había excepciones como la realidad en la ciudad de Cajamarca), y se permitían las leyes y costumbres nativas siempre que no contraviniesen la religión cristiana ni las leyes del Estado.Hay que entender república aquí en su sentido clásico, como sociedad política dotada de los medios necesarios para gobernarse.Religiosas: porque se buscaba propiciar dentro del territorio de la Monarquía las mejores circunstancias para que sus súbditos pudieran lograr la salvación eterna.Fueron también nobles reconocidos aquellos indígenas descendientes de las grandes tribus macroétnicas costeñas y andinas.Instaurado el virreinato la condición de estos nuevos nobles no fue aceptada pues los conquistadores creían que estos indígenas podrían encabezar alzamientos y revoluciones tal como sucedió durante la crisis de Vilcabamba entre 1542 y 1570.Los nobles indígenas, aprovechando su condición, muchas veces comerciaban con productos que a su vez se encontraban libres de impuestos (olluco, oca, papa, etc.) y que tenían gran demanda entre la población vernácula.Esta medida tuvo dos finalidades: primero, facilitar la labor evangelizadora a las órdenes religiosas y segundo, saber el número exacto de indios para estimar el tributo que los indígenas debían entregar a los corregidores.Se crearon los cabildos, que tenían un gran parecido al modelo municipal español.Los encomenderos también tenían la responsabilidad de velar por el bienestar del encomendado, es decir, proporcionarles alimento, vestimenta y oportunidades para seguir su fe.Sin embargo, este sistema trata de ser abolido por Carlos I en 1542, extendiéndose algunas encomiendas hasta 1791.Las tierras eran el patrimonio principal de los indígenas y por ello,surgían pleitos e invasiones constantes.Solórzano Pereira también era de esta opinión “ninguna cosa que se ordena, estatuye o procura para su salud, utilidad y conservación, que no redunde en mayor daño, detrimento y desolación suya".
Representación de las dos repúblicas, de españoles a la izquierda y de indios a la derecha, alegorías a su vez de España y América. Ambos están unidos bajo la advocación de la Virgen de Guadalupe y de la efigie de Fernando VII. También aparecen los escudos de los Borbones y de la Real Ciudad de México. Cuadro de Patricio Zuares, 1809. Museo del Virreinato, Ciudad de México.
