Incluida en los Estados Pontificios en 774, Ancona entró en el Sacro Imperio Romano alrededor del año 1000, pero poco a poco llegó a ser totalmente independiente, con la llegada de las comunas (siglo XI).

Aunque en lugar cerrado, por la supremacía de Venecia en el mar Adriático, la república marítima de Ancona fue notable por su desarrollo económico y el comercio preferencial, especialmente con el Imperio Bizantino, con quien tuvo un vínculo especial.

Fue a través de estas alianzas valiosas que siempre se las arregló para defenderse de Venecia, que quería tener en su poder todo el mar Adriático.

La lucha para defender su propia libertad siempre tuvo éxito, hasta que, en 1532, el Papa Clemente VII, con una maniobra política astuta, tomó posesión de la ciudad.

El navegador anconitano más famoso fue Ciríaco de Ancona, también conocido como arqueólogo-navegador; fue llamado por sus compañeros humanistas como padre de la antigüedad y hoy a veces se le denomina como el padre de la arqueología, porque dedicó toda su vida a buscar evidencias de la época greco-romana y dio a conocer a sus contemporáneos la existencia del Partenón, las Pirámides de Giza, la Esfinge y otros monumentos antiguos.