Más adelante llegaron grupos protestantes que comenzaron a construir iglesias en algunas zonas del país.
En su mayoría se situaban en el norte del país, mientras que en la capital, Managua, siguió predominando el catolicismo.
Durante la segunda mitad del siglo XX se hace presente el movimiento de secularización.
En la actualidad, el catolicismo presenta un claro descenso en Nicaragua, mientras que el protestantismo y los "sin religión" están creciendo en adeptos.
Según datos recientes del 2018, los grupos católicos se encuentran ahora en el 45% y los protestantes o evangélicos en una cifra cercana.