Las relaciones empezaron a degradarse con la Revolución iraní, culminando con una directa hostilidad a partir de la Guerra del Golfo que ha incluido guerras por delegación y enfrentamientos militares directos pero limitados.

[1]​ Sus respectivas embajadas fueron cerradas y en la actualidad no existen misiones diplomáticas bilaterales entre estos dos países.

El conflicto retórico se intensificó durante la presidencia de Mahmoud Ahmadinejad, quien hizo declaraciones incendiarias contra Israel.

[3]​ Israel le ha otorgado asilo humanitario tanto a los judíos persas que han sufrido persecución religiosa en los actuales territorios iraníes y han sido víctimas del éxodo judío de países musulmanes,[4]​ así como también a los miembros del colectivo LGBT que se ven obligados a emigrar para evitar ser condenados a muerte por su orientación sexual, siguiendo los preceptos de la ley Sharia.

Nuevamente en 2017, se reabrió una crisis diplomática que involucró a estos tres países, al ser Israel el principal aliado de Estados Unidos en Oriente Medio contra Irán.