la resolución del Ministerio de Medio Ambiente en la que se formula la declaración de impacto ambiental referente al recrecimiento,[4]​ aunque sin indicar si ésta es positiva o negativa, algo totalmente irregular para una DIA.

Se adjudican el 24 de enero de 2001[6]​ a una UTE formada por Ferrovial-Agromán, FCC Construcción y ACS Proyectos, Obras y Construcciones, esta última dirigida por Florentino Pérez.

La oposición ha llegado incluso a tribunales donde se han abierto cinco acciones judiciales, 3 contenciosos administrativos, una querella criminal contra tres ex altos cargos del Ministerio de Medio Ambiente y 1 denuncia por destrucción de Patrimonio Histórico-Artístico en referencia al Camino de Santiago que también ha sido denunciado ante la Unesco.

En estas acciones han participado significativamente los ayuntamientos de Jaca y Artieda.

Los organismos y asociaciones opuestas al recrecimiento del pantano señalan que la elevación de la cota de coronación hasta los 528 m conllevaría graves afectaciones en los pueblos del valle.

La inundación del antiguo desprendimiento en la ladera izquierda, en donde ya han aparecido grandes grietas, pone en peligro la integridad física de la actual presa.

Recuerdan que con la puesta en funcionamiento del actual embalse, en 1960 se produjo un deslizamiento en el estribo derecho de la presa que obligó a desviar la carretera y a desmontar un gran talud.

El fallo de la misma dice textualmente; En esta sentencia los puntos denunciados son, uno por uno, desestimados.

Es una obra de interés general y su dimensión se estima correcta para sus fines (riegos, abastecimiento Zaragoza, laminación avenidas, refuerzo eje del Ebro, caudal ecológico, etc.).

Se afirma que las pruebas y estudios realizados califican la zona como de baja intensidad.

La afectación ecológica, en especial por la ZEPA y monumental y cultura debida al camino de Santiago quedan desestimadas al consideran correcta la tramitación medioambiental y señalar que la ZEPA fue aprobada en el año 2001 cuando ya existía el proyecto de recrecimiento (este se había aprobado en el año 2000).

[24]​ En 2004, la Fundación Nueva Cultura del Agua presenta una alternativa sostenible al recrecimiento de Yesa que ofrece una garantía de suministro aceptable a los requerimientos agrarios de Bardenas, presentes y futuros, más económica, con menor impacto medioambiental y que genera una menor conflictividad social.

Sin embargo, dicha alternativa es descartada por el Gobierno de Aragón que apuestan por rebajar la cota del recrecimiento.

Se ha barajado la posibilidad de limitar el recrecimiento a una cota entre 510 m s. n. m. y 512 m s. n. m. ampliando la capacidad del embalse solo hasta los 1100 hm³; a lo cual se unirían otras actuaciones como la construcción de un muro que rodearía Sigüés.

Un estudio encargado a la Universidad de Alcalá de Henares estima que con esa cota se Sin embargo, un estudio en profundidad del método[27]​ usado para evaluar los impactos ha demostrado que Con respecto a los problemas geológicos detectados, Con respecto al medio natural, este estudio de cota intermedia