En 1864 fue nombrado como representante del gobernador Pedro Justo Berrío en Bogotá ante el gobierno federal.

En su gabinete incluyó, entre otros, a Baltasar Botero Uribe como secretario de gobierno y a Luis María Mejía Álvarez como secretario de Hacienda.

Sin embargo, para finales de 1876 tuvo que huir del país debido a la deplorable situación en la guerra.

Huyó a Guatemala, donde ya vivía su familia política y algunos conservadores como la familia Ospina Vásquez; Silverio Arango, prefecto del Departamento del Sur, fue elegido nuevo presidente estatal.

Arango tuvo que rendir a las fuerzas conservadoras en el llamado Acuerdo de Manizales, que significó el fin de la guerra y del control conservador sobre Antioquia.