Doce años más tarde los españoles regresaron y fueron capaces de reconquistar Nuevo México.En 1598 Juan de Oñate dirigió 129 soldados y 10 frailes franciscanos, junto con un número grande de mujeres, niños, criados, esclavos, y ganado al valle del río Grande en Nuevo México.[4] A pesar de que en 1500 las políticas españolas hacia los indios exigían su tratamiento con humanidad (el propio Oñate fue cesado por su crueldad), en la lejana frontera norte era difícil para el gobierno imponer estos preceptos.Los sacerdotes pretendían convertir a los Pueblo para erigir con ellos el imperio español en Nuevo México.En 1608, España pensó abandonar el territorio, pero los franciscanos hicieron que la corona se lo replantease tras bautizar a cerca de 7000 indígenas.Cuando esta noticia fue escuchada por los dirigentes tribales, se desplazaron hasta Santa Fe, donde los prisioneros estaban encarcelados.[11] La población española, de aproximadamente 2400 personas, incluyendo mestizos y criados indios, estaba esparcida por la región.[12] Los indios que se unieron a la revolución probablemente superaban los 2000 hombres adultos capaces de utilizar armas nativas como arcos y flechas[13].La rebelión de los Pueblo fue semejante a otros movimientos sociales en colonias sobre culturas milenarias.Popé prometió que, una vez los españoles fueran asesinados o expulsados, los antiguos dioses de su cultura les premiarían con prosperidad y salud.Popé organizó rutas de corredores hacia todos los asentamientos donde los mensajeros llevan cordones anudados.Cada mañana el líder del asentamiento debía deshacer un nudo del cordón, y cuándo el último nudo fuese desanudado, sería su señal para cargar contra los españoles al unísono.[15] El día 10 de agosto, los pueblos se alzaron, robaron caballos españoles para impedirles su huida, sellaron los caminos que llevaban a Santa Fe y asaltaron, saqueando y asesinando, los poblamientos españoles.El día trece de agosto, todos los poblamientos españoles en Nuevo México habían sido destruidos y se inició un asedio contra Santa Fe.Manteniendo la posición en Isleta, despachó una compañía de soldados e indios para establecer la autoridad española.El Pueblo fingió una rendición mientras reunía una fuerza lo suficientemente grande como para hacer frente a Otermín.Los Piros también se movieron a El Paso para vivir entre los españoles, finalmente estando instalados también las tribus Manso y Tiwa.El regreso español a Nuevo México estuvo incitado por su temor a los avances franceses hacia el valle del Misisipi y su deseo de crear una frontera de defensa contra los indios nómadas cada vez más agresivos en sus fronteras del norte.De Vargas, encomendado a Nuestra Señora La Conquistadora y con una fuerza únicamente de sesenta soldados, cien auxiliares indios, siete cañones (los cuales usó como presión contra los Pueblo en el interior Santa Fe), y un sacerdote franciscano, llegado a Santa Fe el día 13 de septiembre.Esta vez, 70 guerreros y 400 personas se opusieron a la entrada de los españoles en la ciudad.[33][34] A finales del siglo el último asentamiento Pueblo se había rendido antes los españoles haciendo la reconquista un éxito.El grupo llegó a actuar en los estados bálticos de Estonia, Letonia, y Lituania.Los indios creen que Picard ha sido elegido, tras 700 años, para la expulsión para darle una posibilidad de redención a su antepasado.Cartas de los misioneros y documentos relacionados, Norman: University of Oklahoma Press, 1988.
El pueblo Taos sirvió como base para Popé durante la revuelta.
La causa más importante de la revolución fue probablemente el ataque español contra su religión, prohibiendo bailes tradicionales e iconos religiosos como estos muñecos kachina.