Las incursiones de los guamares contra los españoles se originaron en 1563 cuando destruyeron el asentamiento de Pénjamo.
Posteriormente los rebeldes atacaron Comanja y asesinaron a los españoles allí asentados, dejando tan solo dos supervivientes.
En 1569 los insurrectos tomaron el puerto del Robledal, cerca de Guanajuato, y llegaron hasta Xilotepec.
Se cree que en algunas ocasiones los rebeldes fueron ayudados por los indios catequizados de San Miguel y Pénjamo.
Para detener la rebelión, las autoridades virreinales dispusieron la fundación de varios presidios en la frontera de los chichimecas.