Durante la Segunda Guerra Mundial, el gobierno del Kuomintang de la República de China intentó socavar la presencia soviética en Xinjiang y recuperar la provincia del control soviético.

El Kuomintang colaboró con el caudillo musulmán hui de Qinghai, el general Ma Bufang, para aumentar sus fuerzas militares en torno a Xinjiang e incrementar la presión sobre Sheng Shicai y los soviéticos.

En 1942, Sheng Shicai cambió su lealtad al Kuomintang tras las importantes derrotas soviéticas a manos de los alemanes en la guerra, y todas las fuerzas militares y técnicos del Ejército Rojo soviético que residían en la provincia fueron expulsados.

[11]​ Muchos líderes de la República del Turquestán Oriental eran agentes soviéticos o estaban afiliados a la Unión Soviética, como Abdulkerim Abbas, Ishaq Beg, Saifuddin Azizi y los rusos blancos F. Leskin, A. Polinov y Glimkin.

La RTE también declaró que trataría de establecer lazos especialmente cordiales con los soviéticos.

[17]​ Mientras que los pueblos tungúsicos no musulmanes, como los xibe, desempeñaron un papel importante en la ayuda a los rebeldes mediante el suministro de cosechas, los tungan (hui) musulmanes locales de Ili hicieron una contribución insignificante e insignificante a los rebeldes o no los ayudaron en absoluto.

Los tres eran prosoviéticos y tenían un historial de servicio militar con las fuerzas asociadas a la Unión Soviética.

[18]​ Los soviéticos suministraron al INA municiones y uniformes de estilo ruso, y las tropas soviéticas ayudaron directamente a las tropas del INA a luchar contra las fuerzas chinas.

[21]​ En octubre de 1945, se sospecha que los aviones soviéticos atacaron posiciones chinas.

Miles de tropas musulmanas chinas al mando del general Ma Bufang y su sobrino, el general Ma Chengxiang, entraron en Xinjiang desde Qinghai para combatir a las fuerzas soviéticas y turcas uigures.

[22]​[26]​[27]​[28]​[29]​ En 1945, la 5.ª y 42.ª Caballería Tungan (Hui) fueron enviadas desde Qinghai a Xinjiang, donde reforzaron el 2.º Ejército del KMT, formado por cuatro divisiones.

Sus fuerzas combinadas sumaron 100 000 soldados hui y han, que sirvieron bajo el mando del KMT en 1945.

[30]​ Se informó que los soviéticos estaban ansiosos por "liquidar" a Ma Bufang.

[38]​ Ma Chengxiang, un general musulmán chino del Kuomintang y sobrino de Ma Bufang, supuestamente utilizó su caballería musulmana china para masacrar a los uigures durante un levantamiento en 1948 en Turfan.

Estaban compuestos por hombres de muchos grupos, entre ellos kazajos, mongoles y rusos blancos al servicio del régimen chino.

[45]​ El cónsul soviético en funciones en Chenghua, Dipshatoff, dirigió el Ejército Rojo para ayudar a las fuerzas del ETR Ili contra los kazajos de Osman.

El Kuomintang permitió que tres uigures nacionalistas pan-turcos antisoviéticos, Masud Sabri, Muhammad Amin Bughra e Isa Yusuf Alptekin, escribieran y publicaran propaganda nacionalista pan-turca para incitar a los pueblos túrquicos contra los soviéticos, que se enfadaron mucho por esa.

[49]​ El lingüista uigur Ibrahim Muti'i se opuso a la Segunda República del Turquestán Oriental y estuvo en contra de la Rebelión de Ili porque estaba respaldada por los soviéticos y Stalin.

Al año siguiente, durante el Incidente de Beitashan, Ma Xizhen luchó contra los mongoles.

[58]​ El 22 de agosto, cinco líderes de los Tres Distritos, Ehmetjan Qasimi, Abdulkerim Abbas, Ishaq Beg Munonov, Luo Zhi y Dalelkhan Sugirbayev, subieron a un avión soviético en Almaty y se dirigían a Chita, pero se dice que perecieron en un accidente aéreo cerca del lago Baikal.

[59]​ El 3 de septiembre, otros tres antiguos dirigentes del ETR, entre ellos Saifuddin Azizi, llegaron a Pekín en tren y aceptaron unirse a la República Popular China, que se fundó el 1 de octubre.

Muhammad Amin Bughra y Isa Yusuf Alptekin huyeron a Turquía.

En la década de 1970, los soviéticos también apoyaron al Frente Revolucionario Unido del Turquestán Oriental (URFET) para luchar contra los chinos.

Los pan-turquistas eran los tres Effendis, (ئۈچ ئەپەندى; Üch Äpändi) Aisa Alptekin, Memtimin Bughra, and Masud Sabri.

[67]​[68]​ The Second East Turkestan Republic attacked them as Kuomintang "puppets".

[73]​ por un artículo de la rama de Al-Qaeda Frente Al-Nusra en inglés "Al-Risalah magazine" (مجلة الرسالة), segundo número (العدد الثاني), traducido del inglés al turco por la "Doğu Türkistan Haber Ajansı" (Agencia de Noticias del Turkestán Oriental) y titulado Al Risale: "Türkistan Dağları" 1.