Su primer nombre fue Seminario Patriótico de Vergara; más tarde cambió su nombre por Real Seminario de Nobles.Durante la Ilustración adquirió un gran prestigio educando no solo a la nobleza vascongada, sino a élites funcionariales, militares e intelectuales del reino, incluyendo numerosos alumnos de Hispanoamérica.En una segunda etapa, se buscaba impartir enseñanzas modernas que no pudiesen seguirse en otras instituciones, como la universidad o las academias militares.En el ramo de química, la mineralogía llegó a tener cátedras y destacó señaladamente; pero éstas fueron las únicas enseñanzas especializadas que la institución pudo llegar a impartir, y así se le debe el descubrimiento del wolframio, por Fausto Elhuyar, y la obtención de acero colado, por el procedimiento de Ignacio de Zavala.Hoy en día su edificio acoge la sede de la UNED y el Colegio Aranzadi.
