Es un monasterio de gran tamaño, llegando a tener hasta tres claustros diferentes.La fachada de la iglesia se distingue por su inmensa portada dibujada por un gran arco escarzano y dos machones que forman una "H".A lo largo de los machones hay bolas, las cuales se repiten en todo el edificio.El crucero, delimitado por cuatro columnas, semejando ramas de palmera, está concebido para albergar para el sepulcro del Infante Don Juan.El retablo mayor, realizado por Pedro Berruguete (1440-1504), es la obra más importante de la iglesia junto con el sepulcro del Infante.Doménico Fancelli se inspiró en el sepulcro de los Reyes Católicos (capilla real de Granada) y en el arte italiano (bronce del papa Sixto IV en la Ciudad del Vaticano, realizado por Pollaiuolo).A los pies una inscripción recuerda las cualidades del príncipe y lamenta su muerte prematura.La verja de plata que rodeaba el sepulcro fue robada por los franceses quienes, además, profanaron los restos del príncipe Juan, cuyo paradero sigue siendo hoy un misterio.Sus pequeñas dimensiones (12,70 x 14,40 metros) y su falta de ornamentación le da una gran sobriedad.Los muros del interior permiten contemplar un total de siete puertas que comunican con distintas dependencias, todas ellas con arcos y estructuras diferentes.El claustro cuenta también con un rincón recoleto donde los religiosos se lavaban las manos antes de pasar al refectorio.Según las últimas investigaciones[cita requerida], el tercer claustro no habría sido construido por los Reyes Católicos, sino por Carlos V.Esta colección etnográfica oriental contiene piezas adquiridas por misioneros dominicos, como los libros de coro y marfil filipino.[3] Igualmente existe un pequeño museo, anexo al anterior, dedicado a las ciencias naturales, que formaba parte del gabinete de historia natural del antiguo Estudio General de la Orden.
Interior de la iglesia del monasterio vista desde el coro
