El Rally de Japón de 2006, oficialmente 3rd Rally Japan, fue la decimoprimera ronda de la temporada 2006 del Campeonato Mundial de Rally.
Se celebró en las cercanías de Obihiro (Hokkaidō) entre el 1 y el 3 de septiembre y contó con un itinerario de veintisiete tramos sobre tierra que sumaban un total de 345.72 km cronometrados.
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