[1]​ El primer nombre que se le dio fue "Rahona", pero ya había sido dado a una mariposa nocturna de la familia Lymantriidae.

La ausencia de pleurocoelos encontrados en Rahonavis y el gran canal medular, lo hace pertenecer a un género distinto.

Aunque el carácter anterior pueda variar dentro de las especies del mismo género, en vértebras individuales del mismo animal, y durante el crecimiento, la distancia en espacio y tiempo que los separa sugiere que no pertenece a Rahonavis.

Dado las afinidades extremadamente cercanas entre los pájaros primitivos y sus primos dromeosáuridos, junto con la posibilidad de que el vuelo pudo haber aparecido y haberse perdido en múltiples ocasiones en estos grupos, ha dificultado colocar a Rahonavis firmemente dentro o fuera de las aves.

[11]​ En 2007 un estudio de Turner y colegas lo encontró una vez más como un dromeosáurido unenlagiinido, cercanamente emparentado a Unenlagia.

[12]​ Este consenso ha sido desafiado, sin embargo, por unos pocos estudios publicados desde 2009 que han encontrado muchos "dromeosáuridos" tradicionales, incluidos los unenlagiínidos, más cercanos a los Avialae que a los dromeosáuridos.

Algunos investigadores han sugerido que Rahonavis representa una quimera que consiste en el miembro superior de un pájaro combinado con el esqueleto de un dromeosáurido, y considera a Rahona como un nomen dubium.

[17]​ Sin embargo, muchos otros científicos, incluyendo los descriptores originales de Rahonavis, mantienen que sus restos pertenecen a un solo animal, citando la gran proximidad de los huesos del ala al resto del esqueleto.