[13] A los cinco meses de su ingreso en prisión solicitó el tercer grado, que le fue denegado.
Aunque consideró que el juez de instrucción, Baltasar Garzón "no había respondido a la exigencia de imparcialidad", la sentencia también aseguraba que este problema fue corregido posteriormente por el Tribunal Supremo porque realizó una nueva instrucción del sumario a cargo del juez Eduardo Móner.
[20] En un reportaje emitido en TVE en marzo de 2015, Rafael Vera declaró que, aunque "la guerra sucia" pudo ser una "equivocación legal", desde "el punto de vista práctico tuvo su papel", al haber conseguido la colaboración francesa, por lo que, según su opinión, "alguna utilidad tuvo".
[23] En 2009 publicó El padre de Caín, novela que sería trasladada a la televisión en una miniserie del mismo título.
[24] En 2013 creó la empresa Asociación Hispano Argelina de Desarrollo Industrial junto con otros antiguos altos cargos.