Se casó con Rosa María Carrascal Lodos en junio de 1964, con quien tuvo dos hijos: Rosa María y Rafael Vara Carrascal.
Comenzó su carrera artística como caricaturista en revistas tales como Teresa, Dígame y Bazar.
En 1959 decidió fundar los Estudios Vara dedicándose a la realización de documentales y películas publicitarias,[4] tanto animadas como a imagen real,[5] hasta que en 1965 contrató a Amaro Carretero para realizar trabajos de animación, y este le sugirió realizar un cortometraje basado en los personajes de Francisco Ibáñez,[6] Vara aceptó y llegó a un acuerdo con la Editorial Bruguera, quien poseía los derechos de la obra para obtener la exclusiva,[5] tras esto, Carretero realizó un corto titulado Mortadelo y Filemón, agencia de información (nombre que tenía la historieta en aquel momento).
[4] Los proyectos tuvieron bastante éxito entre el público infantil, llegando incluso a realizarse un libro con fotogramas de la película y otro inspirado en el guion de la misma,[9] además de ser estrenado en otros países, como en México en 1982.
[10] A pesar de ello, no fue bien vista por el autor de la historieta,[11] al igual que algunos ensayistas tales como Miguel Fernández Soto o José María Candel Crespo, que critican el guion y la simpleza de su animación.