Fue declarado Héroe Nacional de la República Dominicana por el Congreso Nacional mediante la Ley n.º 58-99 del 1999, y sus restos reposan en el Panteón de la Patria.
Tomó la decisión en contra del deseo de su padre, quien prefería que siguiera sus estudios universitarios.
Al poco tiempo ingresó a la Escuela de Cadetes donde se graduó en Ciencias Militares.
Cuando cayó la dictadura de Trujillo, Rafael Fernández Domínguez contribuyó a que el país tomara la vía democrática.
Al coronel Rafael Fernández Domínguez le tocó gestar, organizar y encabezar el Movimiento Militar Constitucionalista, que tenía como objetivo luchar por la restauración del Gobierno Constitucional derrocado en 1963.
En ese momento el coronel Rafael Fernández Domínguez, era Ministro de Interior y Policía, Vicepresidente por ser el Primer Sustituto del Presidente según la Constitución, y un gran líder de los militares que lucharon por el retorno del Presidente Juan Bosch desde su derrocamiento en 1963.