Mientras estuvo allí anotó un total de 58 goles y recibió el Premio Académico Atleta.

[10]​ Después de reemplazar a Simon Dawkins en la primera mitad contra Vancouver el 20 de julio, Baca disputó su primer partido completo por el entrenador en jefe Frank Yallop tres días después en una derrota por 4-0 ante el Real Salt Lake.

Inicialmente, Baca ocupó un puesto en la lista internacional hasta que obtuvo una tarjeta verde la temporada siguiente.

[12]​ Baca fue un componente clave del mediocampo de San José en la temporada 2012, ya que el club ganó el Supporters 'Shield por segunda vez en su historia.

Recibió su primera tarjeta roja como profesional el 8 de septiembre contra Philadelphia por una entrada tardía sobre Conor Casey.

[16]​ En total, Baca hizo 31 apariciones en la liga con San José en lo que sería su última temporada en la MLS antes de partir hacia México.

Fue en Cruz Azul Hidalgo, equipo del Ascenso MX, donde el mediocampista ganó un poco más de regularidad, jugando 7 partidos y anotando un gol.

[19]​ Baca fue reemplazado por el fichaje de verano Jonatan Cristaldo en la mitad del empate sin goles de Cruz Azul con la UNAM, y se perdió los siguientes dos partidos ya que Boy tuvo que dirigir a los jugadores extranjeros del club con la nueva regla 10/8 entrando en vigencia.

Baca hizo cinco apariciones en la conquista de la Copa del Apertura 2018, aunque no apareció en la victoria final 2-0 sobre Monterrey.

En una de las mantas llevadas por los hinchas se leía «Cata y Baca, $e jubilan o los jubilamo$», siendo los principales señalados por el rendimiento del club.

Debido a la cantidad de aficionados, el jugador decidió abandonar La Noria por un acceso alterno para evitar que la situación empeorara.