En el TTZ inicial se preveía armar a los submarino con los cohetes Р-11ФМ.

Luego todos los trabajos se entregaron al recientemente creado СКБ-385 en Zlatouste, bajo la dirección del jefe de diseño V. P. Makeeva .

El lanzamiento del cohete con la carga nuclear se realizó en las mismas severas condiciones meteorológicas.

Llevaba seis estabilizadores en la parte delantera y cuatro en la cola del cohete.

Los gases se usaban para la presurización "caliente" de los depósitos del cohete.

[11]​ Los depósitos del cohete eran autoportantes (eran elementos estructurales)[6]​ y están construidos con acero soldado resistente a los ácidos calientes.

[6]​ El depósito del oxidante se dividía mediante un fondo intermedio en dos semidepósitos.

Esto tenía la finalidad de mejorar el control del cohete.

El sistema de dirección se diseñó para estabilizar y controlar el vuelo del misil y realizaba la corrección de las alteraciones iniciales al dispararse desde el submarino y aproximación del cohete a la trayectoria prevista de vuelo.

Con la ayuda que proporcionaba era posible un CEP de 4 km en los disparos a la máxima distancia.

[11]​ La parte trasera del bloque era también cónica, y sobre ella se montaba seis planos en los bordes para su estabilización durante su vuelo en la atmósfera.

El cuerpo preparado pasaba a los fabricantes de la ojiva, allí era equipado y ya preparada para la instalación en el cohete, se suministraba a los almacenes correspondientes.

Por eso la Armada, en condiciones normales, no entregaba las cabezas nucleares a los barcos, sino que las guardaba en arsenales subterráneos.

[7]​ A diferencia del complejo para los cohetes Р-11ФМ, el complejo para los cohetes Р-13 fue diseñado y creado como un único conjunto de medios técnicos que recibió la designación de D-2.

[9]​ El cohete se unía a la plataforma de lanzamiento dentro del silo mediante unas clavijas especiales.

Para realizar el disparo la plataforma de lanzamiento debía ser levantada a la parte superior del silo.

En la parte superior del silo se encontraban los topes, al acceso a que se incluían los hidrofrenos de tracción y permitiendo compresión de ellos por la plataforma y su descuento posterior.

Sobre él se montaba una plataforma giratoria, que permitía la orientación del cohete en acimut.

[9]​ La instalación estaba equipada con un mecanismo de lanzamiento del tipo corsé con cuatro brazos gancho.

Mediante un mecanismo de muelles se separaban automática los brazos a 60°.

Un marco especial situado en la plataforma de lanzamiento, empujado por dos cilindros neumáticos inclinaba el cohete a estribor y, a expensas del momento de su propio peso, caía al agua.

El almacenamiento del combustible se realizaba en depósitos especiales, separado para cada uno de los tres cohetes.

Después de situarlo en posición la puesta en marcha del primer cohete se realizaba en 4 minutos.

Para el complejo D-2 GSKB (ahora KBTM) realizó un conjunto especial de maquinaria terrestre.

[17]​ El cuarto compartimento, de cohetes, para aumentar su dimensión vertical tenía forma de ocho, con un mamparo horizontal que dividía el compartimento en dos: superior e inferior.

Sin embargo las características técnicas del submarino proyecto 660 era considerablemente inferiores a las de los submarinos nucleares basados en el proyecto 658, por eso todos los trabajos cesaron en agosto de 1958.

Excepto el índice del cohete — R-13А — en la bibliografía no existen ningún otro dato.

Desde 1959 al 1962 entraron en el régimen de la Marina soviética 22 submarinos del proyecto 629 armados con cohetes R-13.

En 1962 la 31.ª división se trasladó al bahía la Espátula Grande de la misma base.

[16]​ Mientras estuvo operativo el complejo, desde 1961 al 1973, en total se realizaron 311 disparos.