El río Yapacaní se origina en las formaciones subandinas del parque nacional Amboró y recibe aguas de numerosos ríos y arroyos tributarios.
En la actualidad, la localidad La Chancadora (número tres), que está ubicada aguas arriba, está amenazada por los continuos desbordes del río, al igual que la misma población de Villa Yapacaní.
En el año 2005 comenzaron las obras para el encauzamiento del río Yapacaní-Surutú.
El río Yapacaní tiene una importancia económica relevante, debido al potencial pesquero de algunas especies comercializables que se dan en sus aguas, como el pacú, surubí y el sábalo.
Las riberas del río han sido deforestadas con fines agrícolas, lo cual ha sido denunciado por algunas organizaciones defensoras del medio ambiente.