El río nace en el valle de Alay, en Kirguistán, donde corre hacia el oeste durante 262 km; luego atraviesa Tayikistán durante 524 km hasta desembocar en río Panj formando el Amu Daria en la frontera entre Tayikistán y Afganistán.
Recorre un territorio muy montañoso y con frecuencia se su curso atraviesa estrechas gargantas.
El potencial hidroeléctrico del río Vajsh ha sido explotado por la Unión Soviética y por Tayikistán.
Se han planeado o están siendo construidas otras cuatro presas, incluyendo la Rogun, que será la más alta del mundo una vez terminada.
El Vajsh puede sufrir corrimientos de tierras causados por terremotos en su región sísmica activa, los cuales constituyen una seria amenaza para las presas.