Nace cerca de la frontera con el Perú, en el territorio indígena del Alta Tarauacá.

[1]​ El río nace al norte de Foz de Jordao, cerca del Área Indígena Kaxinawá do río Jordao y discurre en dirección noreste.

Pasa cerca de los asentamientos de Atenas y Pacujá y luego llega a la pequeña ciudad de Tarauacá (30.711 habitantes en 2006), que le da nombre, donde recibe las aguas del río Muru.

Se interna a continuación en el estado de Amazonas, en la misma dirección sureste, y un poco antes de Envira recibe por la derecha las aguas del río Envira.

Tras atravesar Envira (17.431 habitantes en 2007)) y Vila Martins, desemboca en el río Juruá, aguas abajo de Eirunepé (29.492 habitantes en 2005).