El nombre 'Saja' proviene del hidrónimo latino Salia, cuyo origen se remonta a lenguas preindoeuropeas anteriores al celta y puede significar corriente de agua o agua salada.

Antiguamente el río se aprovechaba para mover varias decenas de molinos harineros y batanes, hoy abandonados o desaparecidos.

[11]​ [12]​ y es navegable para embarcaciones de poco calado en toda la canal central.

Esta presión se atenúa en el siguiente tramo, conocido como Vuelta Ostrera, donde existe una depuradora de aguas residuales.

Esta se extiende hasta el final del curso definido por dos espigones de hormigón.

En las siguientes tablas se pueden observar los caudales medios del río Saja a la altura de la localidad de Puente San Miguel y de Torrelavega durante el período 1970-2000.En cuanto al promedio interanual, los caudales medios trimestrales más altos se corresponden con el segundo trimestre (abril, mayo y junio) con cifras por encima de los cuarenta metros cúbicos por segundo, mientras que los caudales medios mensuales más bajos se asocian con el periodo de estiaje, con valores en torno a los siete metros cúbicos por segundo.

[13]​ El régimen hidrológico del Saja esta fuertemente determinado por las variaciones pluviométricas de la región.

[1]​ [17]​ Estas precipitaciones primaverales, ocasionan crecidas relativamente rápidas del caudal del río conocidas popularmente como llenas,[18]​ que a su paso por las vegas de los valles suele producir numerosas inundaciones, que no llegan a suponer un riesgo significativo, ya que las principales estructuras urbanas se encuentran alejadas del cauce, en las terrazas superiores, donde el grado de inundabilidad es menor y está asociado a eventos de gran magnitud y baja frecuencia.

Estas obras han ido poco a poco cambiando la morfología trenzada del río por tramos más o menos canalizados y rectilíneos, como se puede observar en la vega de Cabezón de la Sal, donde el único sector que conserva una morfología trenzada clara es el tramo final del río, a la altura de Ontoria.

Los valores medios son poco relevantes, inferiores al 6% de la superficie total.

Aunque las alteraciones en el río no son muy numerosas (3,1 por km) algunas de ellas poseen una importante magnitud, especialmente las que se concentran en el tramo medio y bajo del río.

[23]​ El río Saja es uno de los que más encauzamientos registra en toda Cantabria, además de poseer once captaciones y veinte azudes, que junto a los numerosos puentes (treinta y uno) alteran significativamente el régimen hídrico, la continuidad del sistema y las condiciones hidromorfológicas del cauce.

Los hábitats más frecuentes son las bosques alubiales de alisa (Alnus glutinosa) y fresno (Fraxinus excelsior), seguido de los hayedos acidófilos, los brezales secos y los robledales galaico-portugueses.

Entre las numerosas especies destacan el jabalí, becada, nutria, lobo, águila real y corzo.

En la zona sur del parque es posible observar al oso pardo cantábrico.

[29]​ Esta reserva cinegética fue creada en 1966 y mantiene un elevado grado de conservación.

[31]​ Los numerosos espacios de protección que atraviesa el río Saja son una muestra del importante valor ecológico, tanto en lo relativo a la fauna como a la flora, de esta cuenca.

También destacan el lobo y los rebecos en las cumbres próximas al nacimiento del río, así como numerosos micromamíferos.

[28]​ [33]​ [34]​ El aprovechamiento hidráulico del río fue intenso en la antigüedad con multitud de batanes y molinos harineros.

[36]​ En la actualidad se reduce al aprovechamiento industrial, existiendo dos azudes en el curso del río.

Si se continúa aguas arriba aparece la presa de Santa Lucía, que se encuentra en la hoz del mismo nombre que cierra el Valle de Cabuérniga.

El barco no pudo ser liberado hasta cuatro días más tarde.

[45]​ [46]​ Los primeros rastros de ocupación humana en la cuenca del Saja se remontan 35 600 años atrás, durante el período Auriñaciense.

[50]​ [51]​ [52]​ Según los escritos de Estrabón, Plinio el Viejo y Pomponio Mela, a finales del I milenio a. C. la cuenca del Saja se encontraba en el territorio que habitaban los antiguos cántabros.

Durante este periodo las referencias escritas en la zona son nulas y arquitectónicamente únicamente se conserva una fuente visigótica en el pueblo de Colsa.

Las poblaciones de Ruente, Polanco y La Vega (actual Torrelavega) probablemente se formaron unos siglos más tarde.

Junto a la torre se encuentra una vivienda rectangular de una única planta, antigua residencia del farero.

Actualmente funciona con alumbrado eléctrico, emitiendo destellos cada veinticuatro segundos, visibles desde veintidós millas náuticas.

Los principales rasgos de la cuenca a nivel general son unos inviernos suaves y veranos frescos, sin cambios bruscos estacionales, siendo la diferencia entre el invierno y el verano de unos diez o doce grados.

El aire es húmedo con abundante nubosidad y las precipitaciones son frecuentes en todas las estaciones del año, alcanzando una media anual en torno a los mil doscientos mm.