[2]​ La vegetación leñosa ligada a los tramos fluviales está constituida por alisedas, fresnedas, saucedas, tamujares, y brezales higrófilos, mientras que la del fondo de los valles se componen principalmente de encinares.

Todas las comunidades vegetales citadas anteriormente son hábitat de interés comunitario en la UE y/o protección especial en Castilla-La Mancha, y dan cobijo a numerosas especies vegetales entre las que pueden citarse: Acer monspessulanum, Carex laevigata, Hypericum androsaemum, Osmunda regalis, Sibthorpia europaea, Spiranthes aestivalis, Alnus glutinosa, Dryopteris affinis, Lobelia urens, Phillyrea latifolia, Sorbus aria, Athyrium filix-femina, Erica lusitanica, Narcissus munozii-garmendiae, Quercus canariensis, Sorbus torminalis.

[3]​[2]​ Entre las comunidades rupicolas de mayor interés se encuentran las originadas por Genista polyanthos, Polypodium interjectum, y Coincya longirostra.

Desde el punto de vista botánico las comunidades vegetales más interesantes de este estrecho y su entorno son las que se encuentran asociadas al medio fluvial, en particular las galerías arbóreas y arbustivas (alisedas, fresnedas, saucedas, tamujares, y brezales higrófilos) y las comunidades acuáticas de la desembocadura del río Montoro (aunque hay quién lo denomina ya en este tramo como río Jándula) especialmente las que llevan Marsilea batardae, especie considerada en peligro de extinción en España.

[2]​ También tienen un gran interés los encinares de umbría y los acebuchales del Chorillo.