Los anfibios del lugar son ranas, escuerzos, renacuajos, sapos, anguila.
Los reptiles más frecuentes son la yarará, culebra, lagarto overo, lagartija verde y tortuga de río.
Los peces que albergan sus aguas son el surubí, dorado, patí, manduve, manguruyú tape, tatucha, boga, pejerrey, corvina de río, pacú, raya, tortuga de río.
Ecorregionalmente, sus aguas se incluyen en la ecorregión de agua dulce Paraná inferior;[3] mientras que los terrenos de sus márgenes inmediatos se adscriben en la ecorregión terrestre delta e islas del río Paraná.
[7] Todo su recorrido transcurre en una región silvestre, sin poblados ribereños ni próximos, así como tampoco rutas o caminos que permitan alcanzar sus márgenes, o tan solo aproximarse a las mismas.
[9][10] El Paraná Pavón exhibe en su cauce varias islas, a las que sortea abriéndose en dos brazos.
Varias lagunas se encuentran a poca distancia, generalmente comunicadas con el Pavón por cortos canales; las mayores son la laguna Matadero, del Tigre, de López, San Lorencito, Sauzal, etc.