[3]​ El río Meruelo forma parte del sistema hidrográfico del Ayuntamiento de Molinaseca que se orienta hacia el río Boeza junto con el Paradasolana; este último recibe a su vez los regueros del Vendañuelo, Tejedas, Fuenteporqueiro y Valleazores.

Como en cualquier otro río, son numerosas las especies de invertebrados que pasan su vida total o temporalmente entre los guijarros del fondo del río, en sus orillas, entre las ramas y raíces sumergidas, de forma libre en el agua o en su superficie.

Otros insectos son acuáticos también en la vida adulta, como coleópteros (escarabajos) y hemípteros (zapateros, escorpiones de agua).

Además, habitan estas aguas arácnidos como ácaros y otros grupos taxonómicos como oligoquetos (lombrices) e hirudíneos (sanguijuelas).

La fauna íctica está únicamente representada por la trucha común, aunque hasta principios del siglo XXI hubo también anguilas y bogas.