Finalmente el río desemboca, de forma estacional, en la ribera occidental del lago Chad.

[4]​ En Bagara Diffa, el caudal anual promedio o módulo observado durante ese período fue de sólo 15 m³/s para una cuenca drenada de 115.000 km², casi toda la cuenca del río.

El río Komadugu Yobe es un curso de agua muy escaso y muy irregular.

Conoce largos períodos de estiaje, con épocas en que el río está completamente seco.

El flujo mensual promedio observado entre abril y mayo (mínimo estíaje) es 0 m³/s (río completamente secos), mientras que en el mes de octubre, los meses de inundación principal, es 45,8 m³/s, lo que refleja su temporada muy irregular.