La cabecera del Comaina se encuentra casi en la frontera con Ecuador en la Cordillera del Cóndor a una altitud de aproximadamente 1900 m. El río fluye inicialmente casi 40 km al sur, luego 12 km al sureste, luego continua haciendo meandros hacia el sur.

Para los 35 kilómetros más bajos, el Comaina gira gradualmente hacia el este.

Este todavía rompe una cresta en los últimos cinco kilómetros antes de desembocar en el río Cenepa a 2,5 km al oeste de Huampami en la base militar Chávez Valdivia.

[1]​ El estuario se encuentra a una altitud de unos 240 m s. n. m. Las localidades más grandes a lo largo del río son Shaim, Pagata y Kusu Kubaim.

[2]​ La cuenca del río Comaina se extiende sobre un área de 3900 km².