El río Benajarafe es un río del suroeste de la península ibérica, perteneciente a la cuenca hidrográfica del Guadalquivir, que discurre por el noroeste de la provincia de Córdoba (España).
El río Benajarafe nace en Sierra Morena, cerca de las poblaciones de El Alcornocal y Ojuelos Altos, ambas en el término municipal de Fuente Obejuna.
Durante varios kilómetros dibuja el límite entre los municipios de Fuente Obejuna y Hornachuelos y entre los de Villanueva del Rey y Espiel.
El río Benajarafe, junto al vecino río Névalo, alberga unas de las comunidades de peces autóctonos más rica de toda la cuenca del Guadalquivir, habiéndose detectado barbo del sur, pardilla, calandino, boga meridional, cacho y colmilleja.
También se han detectado dos especies introducidas: percasol y alburno.