La cabecera del Albuera se encuentra entre los término municipales de La Parra y Salvatierra de los Barros.

En su tramo alto, donde también es llamado rivera de Nogales, discurre en dirección noroeste hasta la localdad de La Albuera, donde cambia de rumbo en dirección norte y también de nombre, pues pasa a llamarse rivera de los Limonetes hasta su desembocadura en la margen izquierda del río Guadiana dentro del término de Badajoz.

[3]​ Casi todo el curso del Albuera y su afluente el regato de la Bejaran conforma la Zona Especial de Conservación (ZEC) "Rivera de los Limonetes-Nogales", la cual cuenta con una gran extensión de fresnedas mediterráneas que se desarrollan a lo largo de aproximadamente un 40% del cauce, desde el núcleo municipal de La Albuera hasta el límite norte del lugar.

Estas formaciones, que presentan buen estado de conservación, con árboles de portes considerables y vegetación arbustiva y herbácea de ribera asociada, están consideradas como “Fresneda Notable de Extremadura”.

ADemás, en el tramo medio de la ZEC se distribuyen especies endémicas como la Galega cirujanoi.