[4] Si hay infección, el tratamiento es, en general, con incisión y drenaje justo al lado de la línea media.[14] Se puede originar un tracto sinusal o pequeño canal desde el foco infeccioso y abrirse en la superficie de la piel.[15] Es probable que se drene material del quiste a través de seno pilonidal.[16] No se piensa que los traumatismos puedan provocar estos quistes, aunque podrían inflamar alguno ya existente.Esta afección estuvo ampliamente extendida en el ejército de Estados Unidos durante la Segunda Guerra Mundial.El tratamiento puede incluir terapia con antibióticos, compresas calientes y aplicación de cremas depilatorias.En los casos más severos, los quistes pueden precisar incisión y drenaje o escisión quirúrgica.Esta técnica es menos dolorosa que las tradicionales, puede realizarse bajo anestesia local o general, no requiere vendajes o embalaje y permite regresar a las actividades normales dentro de 1 a 2 días.[21][22][23][24] El pegamento de fibrina también ha sido demostrada como mejor que las técnicas más invasivas en el tratamiento de la enfermedad del seno pilonidal en niños, donde un rápido retorno a las actividades normales y mínimo dolor postoperatorio son especialmente importantes.[cita requerida] Una técnica quirúrgica mínimamente invasiva, fue desarrollada en Israel por Moshe Gips et al.,2008.[26] similar a la escisión, recogiendo la técnica descrita por primera vez por Bascom en 1980[27] En este procedimiento se elimina el tejido enfermo y el quiste, dejando sólo pequeños agujeros para sanar.Los cirujanos también pueden escindir el seno y reparar mediante una técnica reconstructiva, realizada bajo anestesia general.
Anatomia de un quiste pilonidal de 7 cm removido mediante cirugía: fístula pilonidal (arriba) y sino pilonidal (abajo)