En 1393 Timur conquistó Bagdad y 3 años más tarde nombró a su hijo Miran Shah como virrey de Azerbaiyán.

[5]​ Colaborando en igualdad con el Sultán Ahmed Jalayir contra los Timúridas, Qara Yusuf aseguró eficazmente la independencia de los Kara Koyunlu.

Tras recuperar Bagdad ambos se enfrentaron y Qara Yusuf expulsó al sultán Ahmed Jalayir de la ciudad.

Ahmed Jalayir se refugió con Nasir-ad-Din Faraj, el sultán del Egipto mameluco, pero lo encarceló por miedo a Timur.

Juntos en prisión, los dos dirigentes renovaron su amistad, acordando que Sultan Ahmed Jalayir tendría Bagdad mientras Qara Yusuf se quedaría con Azerbaiyán.

Aun así, según Faruk Sümer, fueron liberados por orden del wali rebelde de Damasco - Sheykh Mahmud.

[3]​ En cambio, lo casó con una hija de Yusuf y le envió a gobernar Mosul.

[9]​ Tras haberse establecido como gobernante de Azerbaiyán con Tabriz como capital, Qara Yusuf se enemistó con su aliado Ahmed Jalayir.

Qara Yusuf declaró a su hijo "sultan" y le coronó 1411, aunque era aún regente.

[12]​ En octubre de 1418, su hijo y sultán nominal Pirbudag falleció, dejando a Qara Yusuf en dolor durante días.