Alrededor de 1450, Pachacutec vence en la guerra a los Chancas, sus principales rivales, y se erige como el noveno gobernante del Cusco.

Pocos años después, llegan a la costa central del Perú (formada por los valles de Lurín, Rímac y Chillón), anexándola al Tawantinsuyu (Imperio Incaico).

La restauración del Palacio y la protección de la zona arqueológica la inició el Dr.

[4]​ Durante el Intermedio Tardío (1000 - 1476), la Cultura Ychsma inicia la construcción del palacio de Puruchuco.

En el Horizonte Tardío (1476-1532), el Imperio Incaico amplían el conjunto monumental y conserva su vigencia como residencia de curacas locales.

En el año 2000, AJB muere y es enterrado al costado del Museo, y éste cambia de nombre rindiéndole homenaje por su gran labor en protección al Patrimonio Nacional llamándose así: Museo de Sitio Arturo Jiménez Borja - Puruchuco.