[cita requerida] En 1825 describió un efecto visual por el cual a medida que se reduce la energía lumínica y las células visuales cambian de visión fotópica a escotópica, se modifica la brillantez relativa de distintos colores, fenómeno que hoy se conoce como desviación de Purkinie.

[cita requerida] Purkyně fue el primero en utilizar un microtomo para realizar delgados cortes de tejidos para la observación microscópica y fue uno de los primeros en utilizar una versión mejorada del microscopio compuesto.

[11]​ También se le acredita haber inventado el compressorium, un microscopio accesorio para aplicar presión controlada a las muestras analizadas.

[14]​ Murió en 1869 y fue enterrado en el Cementerio Nacional Checo en Vyšehrad, Praga.

La Universidad de Ústí nad Labem (ciudad checa 41 km al norte de Libochovice, su ciudad natal) lleva su nombre: "Jan Evangelista Purkyně University in Ústí nad Labem".