[1]​ Actualmente forma parte del corredor turístico denominado como "Los Secretos de Puebla".

La ciudad de Puebla se fundó en 1531 al margen del río San Francisco.

Este primer puente construido en 1555 por orden del corregidor don Luis de León Romano.

Años después se le conocía como puente de Amalucan porque cerca de él pasaba el caño conductor del agua potable que surtía al Colegio del Espíritu Santo, procedente de Amalucan, la hacienda de los jesuitas, por eso se pusieron "dos alcantarillas a la una y otra entrada, muy altas, para mantener al agua en su peso por lo que baja al pasar por el puente" .

La denominación puente de Motolinía se utiliza oficialmente en el registro Público desde 1892[9]​ hasta mediados del siglo XX.

Es ocioso decir que por esta triste fama, el río San Francisco recibió injustos y altisonantes sobrenombres.

En 1946 se programó la colocación de la primera piedra en la obra del embovedamiento del Río San Francisco, lo que haría el presidente de la República, general Manuel Ávila Camacho, en su visita a la ciudad.

Estas construcciones fueron demolidas total o parcialmente, y los centenarios puentes quedaron sepultados al rellenar el antiguo cauce del río con los escombros para dar paso al moderno Boulevard Héroes del Cinco de Mayo, terminado hasta 1975.

Durante las obras de encarpetamiento con concreto hidráulico del Boulevard Héroes del Cinco de Mayo, se temió que los vestigios del puente de Bubas quedaran sepultados bajo el concreto definitivamente, sin embargo desde el año 2014 se puso en marcha un proyecto para facilitar el acceso al público al antiguo puente, el cual al encontrarse debajo del Boulevard tiene la apariencia de ser un túnel, invirtiendo 5 millones 872 mil pesos en su rehabilitación.