En un tiempo inmemorial vivieron en las riberas del río Amazonas, que luego fueron dominadas por los Cocama u Omaguas, de lengua Tupí.

Posteriormente, la fiebre del caucho conllevó la llegada de la Casa Arana al territorio y aunque los Yagua resistieron fueron derrotados en 1911.

En Perú han conformado Federación de Pueblos Yagua del Bajo Amazonas y Bajo Napola FEPYBABAN.

En Colombia han sido reconocidos su resguardos de Santa Sofía, El Progreso y Tiitanho Nijaamu La Libertad.

El chamanismo se comporta como un sistema de adaptación con la realidad vivida, que propicia la armonía con la naturaleza, la seguridad, la alimentación y la salud.