Al parecer Ptolomeo XII fue un mal gobernante y un rey que descuidaba a su pueblo.

En 103 a. C. fue enviado por su abuela, la reina Cleopatra III, junto con su hermano y su primo Alejandro II, a la isla de Cos para refugiarse.

En 88 a. C. fue capturado por Mitrídates VI del Ponto, y según Cicerón en 80 a. C. se encontraba en Siria.

Mientras tanto, Auletes intentaba recabar el apoyo del cónsul y general Cneo Pompeyo Magno enviándole ayuda militar a Judea.

Quedaron como regentes su esposa Cleopatra y la hija mayor de ambos Berenice IV.

Auletes, que residía en casa de Pompeyo, intentaba ganarse el respaldo de los senadores mediante cuantiosos sobornos que le obligaron a aumentar los impuestos en Egipto e incluso a contraer deudas con prestamistas romanos.

Por supuesto, para poder gobernar juntos, tuvieron que casarse según lo permitía la ley de los Lágidas.