[3]​ La Junta se trasladó a Tordesillas, con trece de las dieciocho ciudades con voto en Cortes representadas en ella, y el 24 de septiembre celebró una audiencia con la reina Juana, cuyas prerrogativas políticas buscaban restablecer.

[8]​ La redacción tuvo lugar en el mes de octubre y corrió a cargo del licenciado Bernaldino.

[9]​[10]​ Sin embargo, la comisión fue un rotundo fracaso: Vázquez, que se había adelantado, llegó a Worms, donde se hallaba la Corte, y fue detenido inmediatamente, mientras que los otros dos tuvieron conocimiento de ello en Bruselas y decidieron regresar.

[13]​ Según Carretero Zamora, el modelo institucional de las Cortes en el programa comunero es radicalmente opuesto al que había cristalizado en Castilla durante la Edad Media.

[16]​ Los comuneros no solo pretendían asegurar su independencia del poder real, sino también ampliar sus prerrogativas en el gobierno del reino:[11]​ Aunque esta cláusula no especifica de qué tratan esas «otras cosas cumplideras al servicio de la Corona Real y bien común destos Reynos», otros capítulos establecen que el reino debía ser consultado sobre el matrimonio del monarca («tenga por bien de se casar a voto y parecer de estos sus Reynos») y la elección de los regentes («puestos y elegidos a contentamiento del reino»).

En este sentido, la reorganización administrativa propuesta por los comuneros obedecía a dos principios fundamentales: mejorar el reclutamiento de los funcionarios y controlar periódicamente su gestión.

Para evitar abusos, los oficios de los corregidores, alcaldes, oficiales y justicias del reino no podrían ser prorrogados por más de un año y los corregidores solo podrían ser provistos en aquellas ciudades que lo pidieren expresamente.

En el corto plazo, se exigía al monarca que destituyese a los miembros del Consejo Real, considerados responsables del mal consejo que había precipitado al reino a la guerra civil.

Respecto a esta institución, las instrucciones de Valladolid pedían que fuese presidida por un caballero y un obispo.

Todos aquellos que obedeciesen cédulas reales contrarias a esta disposición perderían sus oficios y pagarían una multa de cien mil maravedíes.

[25]​ Para evitar los abusos derivados del hospedaje del rey y sus cortesanos en una ciudad, la Ley Perpetua estableció que se permitiría el aposento real en setenta posadas elegidas por la propia ciudad y el costo sería solventado por medio de sisa o repartimiento entre los pobladores de la ciudad, incluyendo a los exentos, solo por seis días, tras lo cual la corte debería pagar lo que la justicia ordinaria del lugar hubiera estimado necesario cobrarles.

[30]​ En tal caso, se estipuló que las personas encargadas de ello fuesen letrados con conocimientos suficientes del tema sobre el que hablasen, honestos y de buena conciencia, que predicasen correctamente y en lugares adecuados para ello, como iglesias y otros edificios religiosos, sin presionar a los fieles.

El dinero recaudado se depositaría en la iglesia catedral o colegial y bajo ningún concepto podría usarse para fines diferentes del establecido (financiar la guerra contra los moriscos y sostener las posesiones castellanas en el norte de África).