El objetivo del CGAP es caracterizar el cáncer a nivel molecular proporcionando una plataforma con datos actualizados de fácil acceso y un conjunto de herramientas tales que los investigadores puedan relacionar fácilmente sus hallazgos con los conocimientos existentes.
[1][2] El proyecto está dirigido por Daniela S. Gerhard e incluye subproyectos o iniciativas, entre las que destacan el Proyecto de Aberraciones Cromosómicas del Cáncer (CCAP) y la Iniciativa de Anotaciones Genéticas (GAI).
La causa fundamental del cáncer es la incapacidad de una célula para regular su expresión génica.
[4] Esto contribuyó a dos tipos de bibliotecas, la dbEST y más tarde la dbSAGE.
Muchos cánceres se producen en tejidos con múltiples tipos de células.
Esta heterogeneidad celular hacía que la información sobre la expresión génica en términos de biología del cáncer fuera menos precisa.
Por lo tanto, también se utiliza un método mejorado llamado análisis en serie de la expresión génica (SAGE).
Los SNP son valiosos en la investigación del cáncer, ya que pueden utilizarse en varios estudios genéticos diferentes, comúnmente para rastrear la transmisión, identificar formas alternativas de genes y analizar complejas vías moleculares que regulan el metabolismo, el crecimiento o la diferenciación celular.
Los SNP de alta probabilidad se validan y hay herramientas disponibles que hacen predicciones sobre si la función está alterada.
El Proyecto de Aberraciones Cromosómicas del Cáncer (cCAP) es una iniciativa apoyada por el CGAP que se utiliza para definir la estructura cromosómica y caracterizar los reordenamientos asociados a la transformación maligna.
[1] Los mapas de clones del CCAP se han cartografiado citogenéticamente mediante FISH con una resolución de 1-2Mb en todo el genoma humano, y físicamente mediante sitios marcados con secuencias (STS).
Se pueden utilizar herramientas para asignar etiquetas SAGE a grupos UniGene, una base de datos que almacena transcriptomas.
Esto permite identificar más fácilmente la secuencia correspondiente a una etiqueta SAGE.
Las bases de datos del transcriptoma también pueden utilizarse en investigaciones no relacionadas con el cáncer, ya que contienen información que puede emplearse para identificar rápida y fácilmente determinados genes secuenciados.